Ao fazer o ISBN meus direitos autorais já estão garantidos?

Não. ISBN e direitos autorais são coisas diferentes.

O registro da obra para fins de direito autoral é realizado no Escritório de Direitos Autorais (EDA) da Biblioteca Nacional, órgão responsável no Brasil pelo registro de obras literárias, desenhos e músicas.

Este registro permite o reconhecimento da sua autoria, especifica direitos morais e patrimoniais e estabelece prazos de proteção tanto para você, autor, quanto para seus sucessores. Além disso, o EDA também faz a guarda da sua obra para fins de difusão da produção intelectual brasileira, que é missão principal da Fundação Biblioteca Nacional.

Conforme a legislação brasileira,  direito autoral é o direito que todo criador de uma obra intelectual tem sobre a sua criação. Desta forma, este registro da obra através do EDA, tem conteúdo meramente declaratório, e não constitutivo como ocorre no direito de propriedade industrial em geral. Mas que poderá em alguns casos servir como comprovação em disputas judiciais, por exemplo.